Das EU-Förderzentrum der BayFOR vernetzt bayerische Akteure aus Wissenschaft und Wirtschaft auf europäischer Ebene und unterstützt sie bei der Einwerbung von EU-Fördermitteln, etwa in Horizon Europe, dem europäischen EU-Rahmenprogramm für Forschung und Innovation, sowie anderen Programmen wie dem European Defence Fund (EDF). Zu diesem Zweck bieten wissenschaftliche Referenten fachspezifische Informationen, strategische Beratung und aktive Unterstützung bei der Projektanbahnung, dem Aufbau von internationalen Forschungskonsortien und der Antragstellung. Im Falle einer erfolgreichen Evaluierung unterstützt die BayFOR bei der aktiven Projektimplementierung und übernimmt gegebenenfalls das forschungsnahe Projektmanagement und/oder die Öffentlichkeitsarbeit. Schließlich vertritt das EU-Verbindungsbüro in Brüssel die Interessen der bayerischen Hochschulen auf europäischer Ebene. Es stärkt ihre Sichtbarkeit und ist ihr Kontaktvermittler zu den europäischen Institutionen.